根据个人所得税法规定,居民个人的综合所得,以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额,为应纳税所得额,适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
因此,如果纳税人存在两处以上工资薪金所得且都按照5000减除费用代扣代缴,在年度汇算时可能需要补税。
为减轻纳税人办税负担,建议扣缴义务人与纳税人确认后,选择在一处扣除每月5000元的减除费用。
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