扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时,应当按照累计预扣法计算预扣税款,并按月办理全员全额扣缴申报。
因此即使员工某个月工资不到5000,但累计应纳税额-累计减免税额-累计已预扣预缴税额大于0,该员工仍需要缴税。
依据:
关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法(试行)》的公告
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