根据《财政部?税务总局关于延长部分税收优惠政策执行期限的公告》(2021年第6号)规定,《财政部?税务总局关于延续免征国产抗艾滋病病毒药品增值税政策的公告》(2019年第73号)执行期限延长至2023年12月31日。你公司生产的药品符合73号公告规定的,2021-2023年可以继续享受免征增值税政策。在公告发布之前已征收入库的按该公告规定应予免征的增值税税款,可抵减以后月份应缴纳的增值税税款或者办理税款退库。
由于你公司2021年1-2月已向购买方开具增值税专用发票,应将专用发票追回或者按规定开具红字专用发票后方可办理免税。 开具红字发票流程:若你公司开具的是纸质增值税专用发票,根据不同情况,由购买方或者销售方在增值税发票管理系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》,销售方凭税务机关系统自动校验通过的《信息表》,在增值税发票管理系统中以销项负数开具红字专用发票。若你公司开具的是增值税电子专用发票,除无需追回已经开具的蓝字电子专票外,其他流程与纸质发票流程基本一致。
具体可参考《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》(2016年第47号)和《国家税务总局关于在新办纳税人中实行增值税专用发票电子化有关事项的公告》(2020第22号)。