个税系统有个员工的工资为5000，为什么还要交税？

正常工资薪金累计计算的，不是本月数据，可以点击“税款计算”查看累计情况：

1、“累计减除费用”是否正确：您点击“综合所得申报”→“税款计算”若仍不正确，您进入“人员信息采集”界面（检查入离职日期需正确填写，“是否扣除减除费用”需选择“是”）及工资薪金所得右上角“更多操作”→“减除费用扣除确认”界面员工名单设置。

2、专项附加是否正确累计：您返回“专项附加扣除信息采集”→“下载更新”检查信息无误后，返回报表界面，重新点击“预填专项附加扣除”，

3、填写本期数据是否正确：返回“收入及减除填写”界面双击打开数据，检查本期填写数据，若有误进行修改；

4、累计数据是否正确：点击“查询统计”检查上期数据，之前数据有误需要进行更正申报，然后再返回本月所属期操作。

以上信息无误后，重新进行“税款计算”，“应补退税额”即为税款。