个人独资企业经营年度申报表的填写是一项重要的财务管理活动，以下是填写步骤：
填写基本信息：在表中内容部分，首先填写投资者姓名、投资者身份证号码以及个人独资或合伙企业的企业名称，企业税务登记号，企业电话、企业地址以及所处的行业类别和开设的企业银行账号。需要说明的是，这里的企业地址填写企业经营管理机构所在地的地址，行业类别按照纳税人主营项目的行业填写。
填写收入所得项目：收入总额、成本、费用、税金、营业外支出，以及企业利润总额五个栏次，要求填写的是个人独资企业或合伙企业的经营数据。之间的逻辑关系是：企业利润总额等于收入总额减去成本、费用、税金和营业外支出。
纳税调整增加额：是指收入总额中反映的收入项目以及税收规定不允许扣除的支出项目的数额。包括超过规定标准扣除的项目、不允许扣除的项目、应税收益项目等三类。具体的填写内容包括从业人员工资支出、职工福利费、职工经营等11项内容填写。不允许扣除的项目，填写按照税收规定不允许扣除，但企业已将其扣除的各项成本、费用和损失，应予调增应纳税所得额的部分。具体的填写内容包括资本性支出、无形资产受让、开发支出等10项内容填写。应税收益项目，填写企业未计入应纳税所得额而应补报的收益。对属于计算上的差错或其他特殊原因而多报收益，可以用负号表示。具体的填写内容包括少计应税收益和未计应税收益填写。
纳税调整减少额：是指根据税收规定应在收入总额中反映的免税收入以及应在扣除项目中反映而没有反映的支出项目的数额。包括弥补亏损、国库券利息收入、投资者标准费用扣除额以及其它四项内容。具体的填写内容包括弥补亏损：填写企业根据规定，以前年度亏损允许在税前弥补而相应调减的应纳税所得额。国库券利息收入：填写企业免于纳税、但已计入收入的因购买国库券而取得的利息。投资者标准费用扣除额：填写根据税法规定允许扣除的投资者个人的费用扣除数额。目前每人每月为1600元。
计算应纳税所得额：经纳税调整后的生产经营所得=企业利润总额+纳税调整增加额-纳税调整减少额。应纳税所得额=个人独资企业的投资者的，该栏等于本表中经纳税调整后的生产经营所得数额；纳税人是合伙企业投资者的，该栏等于本表中经纳税调整后的生产经营所得乘以依照规定的分配比例计算的应纳税所得额。
确定适用税率，计算相关税额：应纳所得税额采取按年推算的计算方法；应缴入库所得税额=应纳所得税额-减免所得税额；期末应补（退）所得税额=应缴入库所得税额+期初未缴所得税额-实际已缴所得税额。
填写补充资料：根据企业经营实际和税收征管情况，填写补充资料中年度平均职工人数、工资总额、从其他独资或合伙企业分得的经营所得和税务部门核定征收的应税所得率。
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