在注销企业时，如果发现营业执照正本遗失，需要先进行营业执照的补办，然后再继续完成注销流程。以下是详细的处理步骤：
登报声明：首先，需要在市级以上的公开发行的报纸媒体上刊登遗失声明，声明营业执照正本遗失，并提供相关信息，如营业执照的名称、注册号等。
补办营业执照：携带登报的报样和其他必要材料（如法定代表人身份证明、公司盖章的《指定代表或者共同委托代理人的证明》等）到市场监管所或政务服务中心经济类审批窗口提出申请。经过审核后，领取新的营业执照。
工商局办理注销手续：在补办完营业执照后，需要到工商局办理注销手续。这通常需要提交一系列文件，包括但不限于法定代表人签署、公司加盖公章的公司变更登记申请书，公司盖章的指定代表或者共同委托代理人的证明等。
税务局注销税务：完成工商局的注销手续后，还需要到所属税务机关进行注销税务登记。
公安机关注销印章：最后，到公安机关办理企业印章的注销手续。
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